واجه القطاع الزراعي خلال عام 2011 العديد من التحديات والصعوبات التي عادت بخسائر مالية على المزراعين، ففي موسم الصيف واجهوا مشكلة تقنين توزيع الحصص المائية على الوحدات الزراعية كأبرز التحديات.
كما أن ارتفاع أجور العمالة الوافدة المصرية لاحتكارهم سوق العمالة، دفع أغلب المزراعين بالتواجه لوزارة الزراعة للسماح بفتح أسواق العمالة الآسيوية.
وواجه القطاع الزراعي في مختلف مناطق الأغوار هذا العام، فائض إنتاج وضعف تسويق، مما أجبر مزراعي الأغوار الجنوبية على إلقاء محاصيلهم من البندورة في الشارع الرئيسي بسبب عدم تسويق المنتج وانخفاض الأسعار محليا، حيث وصلت خسائر مزراعي محصول البندورة إلى آلاف الدنانير .
وتزامن تدني أسعار المنتجات الزراعية لفترة زمنية قصيرة، مع ارتفاع أسعار مستلزمات الإنتاج الزراعي، الأمر الذي دفع المزراعين إلى توقيع شيكات على أنفسهم لعدم مقدرتهم على الشراء النقدي الفوري، وهو ما زاد من ديونهم وخسائرهم.
واشتكى المزراعون من غياب الرقابة على الأسمدة والمبيدات والبذور الزراعية من قبل الجهات المعنية كوزارة الزراعة التي تقف بعيدا عن القطاع الزراعي، بحسب العديد من المزراعين، فضلا عن تغول تجار الأسمدة بتحديد الأسعار التي تحلو لهم.
ومن أبرز المشاكل التي واجهت القطاع الزراعي في هذا العام، غياب الإرشاد الزراعي وتزويد المزراعين بنصائح تحمي محاصيلهم من الأمراض التي تصيب المحاصيل الزراعية، حيث أكد العديد من المرزاعين على أهمية وجود الإرشاد الزراعي في الوحدات الزراعية لتغيير النمط الزراعي.
وقال المزارعون إن الاتحاد العام للمزراعينين الأردنيين لا يقدم خدمة للقطاع الزراعي بسبب قانون الاتحاد العام للمزراعينن الأردنين الذي لا يتيح الفرصة لمساعدة للمزراعيين، لذا طالب العديد من المزراعين بإنشاء نقابة للقطاع الزراعي لحمايتهم.
وواجه القطاع الزراعي صعوبات بسبب الثورات العربية التي أدت إلى إغلاق الأسواق العراقية أمام المنتجات الأردنية، فضلا عن ارتفاع أجور النقل والشحن على التجار، مما عاد بآثار سلبية على المزراع.